Wanneer een groeistoornis niet erfelijk bepaald is, is meestal sprake van een secundaire groeistoornis. Een secundaire groeistoornis wordt veroorzaakt door bijvoorbeeld een bepaalde ziekte, ondervoeding of een bepaalde medische behandelingen.

Groeistoornis in het kraakbeen
Sommige kinderen worden geboren met te korte armen en benen als gevolg van een groeistoornis in het kraakbeen (chondroplasie = groeistoornis in kraakbeen), die niet erfelijk bepaald is. Het kan een gevolg zijn van een bijwerking van bepaalde (genees)middelen of door intoxicatie.

Hypofyse
Ook, maar hoogst zelden komt het voor, dat kinderen niet goed groeien, omdat de hypofyse onvoldoende groeihormoon produceert. Bij de geboorte kan al sprake zijn van een tekort maar het kan zich ook op latere leeftijd ontwikkelen (niet meer bij volwassenen).

Voedingsstoornissen
Ook voedingsstoornissen staan vaak aan de basis van een onvoldoende groei. Een tekort aan geslachtshormonen kan ook een verminderde groei veroorzaken. Het kind groeit dan onvoldoende tijdens de puberteit. Het heeft wel de normale proporties. Dit tekort kan met hormoontherapie aangevuld worden.